Il museo occupa la parte monumentale del convento domenicano di San Marco, capolavoro architettonico di Michelozzo commissionato da Cosimo dei Medici a partire dal 1437. Custodisce la più grande collezione al mondo di opere del Beato Angelico, uno dei massimi pittori del primo Rinascimento, che lavorò nel convento tra il 1438 e il 1445, fu dimora di fra’ Girolamo Savonarola che vi soggiornò dal 1489 e ne divenne priore nel 1491. Dichiarato monumento di importanza nazionale nel 1869 il convento divenne museo e oggi convive con l’attigua chiesa di San Marco e le parti adiacenti al chiostro di San Domenico ancora riservate alla vita conventuale. Il museo ospita anche opere del Ghirlandaio, di Fra Bartolomeo, di Paolo Uccello, di Giovanni Antonio Sogliani e dei Della Robbia, oltre a un’esposizione dei resti architettonici del centro di Firenze e la Biblioteca di Michelozzo.