Le Cappelle Medicee costituiscono dal 1869 un museo statale, ma la loro storia è strettamente legata a quella della Chiesa di San Lorenzo, a cui appartengono. Il museo è costituito dalla Sagrestia Nuova, disegnata e concepita nel suo arredo scultoreo da Michelangelo; dalla Cappella dei Principi, monumentale mausoleo in pietre dure; dalla Cripta, dove sono sepolti i Granduchi Medici e i loro familiari; e dalla Cripta lorenese, che accoglie, oltre alle spoglie della famiglia dei Lorena, il monumento funebre a Cosimo il vecchio “Pater Patriae”. L’accesso al museo è dalla Cripta a volte ribassate, sorretta da larghi pilastri in pietra serena. In questo ambiente furono collocati i corpi dei granduchi Medici e dei loro familiari, partendo da Cosimo I e terminando con Gian Gastone, ultimo granduca della dinastia che si estinse in Anna Maria Luisa, Elettrice Palatina. Capolavoro di Michelangelo la Sagrestia Nuova fu realizzata a péndant della Vecchia a partire dal 1519. Il museo conserva inoltre una parte del Tesoro della Basilica: parati sacri e magnifici reliquiari.